控制系統是音樂噴泉重要的部分。大型音樂噴泉一般采用可編程控制系統進行控制。對于音樂噴泉設計人員來講，需要了解大型音樂噴泉的控制特點才能設計出好的方案。
        音樂噴泉是通過實時的控制系統來進行工作的，越大型的音樂噴泉控制系統越是復雜，不過不論是大型還是一般的音樂噴泉系統，都是事先將根據各種音樂編好的控制程序與音樂同時播放，這是音樂噴泉控制系統基本的原理，通過控制系統隨心所欲地控制輸出各種水型、燈光等。
        大型音樂噴泉主要在一些大型廣場、主題公園、一些寬廣的湖面等方面比較常見，電氣設備包括水泵、燈光、音響、變頻、配電屏等，總裝機容量約在數千kW,由于是處在間歇變化工作，瞬間的電壓波動和干擾嚴重，變頻的高頻大電流，因此在音樂噴泉實時控制時采用上位機和下位機的工作方式，將用于操作控制的上位機安裝在遠離設備控制機房，且能觀察到噴泉全景的地方便于監視、控制，而將控制電力設備的下位機直接安裝在機房的配電屏上。上位機一般采用計算機，可提供多媒體技術及文字和圖形的各種操作、顯示界面并時對下位機進行監控，下位機采用單片機，PLC或工控機，但考慮到抗干擾和惡劣的工作環境以及較好的性能價格比一般都采用PLC。
        音樂噴泉的控制方式主要包括實時控制和程序控制，音樂噴泉對實時控制要求很低，因為噴泉燈光和水型的組合還是有限的，很多變化都是有規律的重復。程序控制方式實際上是有計算機代替人工操作對下位機進行實時控制，因此要對要播放的音樂和與之配合的燈光進行時間上的安排，等調試完后將控制時保存在計算機中，等到正式播放的時候播放音樂與對應的控制時序。